Приходы открывались в Твери, Торжке, Нижнем Новгороде и других городах. В частности, в Санкт-Петербурге в 1798 г. купцу Милову И.И. было разрешено обустроить первый в городе Единоверческий храм, который был создан в жилом доме купца на Захарьевской улице.
Престол церкви был освящен во имя святого Николы Чудотворца по просьбе императора Павла I. На освящении храма собралось значительное количество староверов,присутствовал император Павел I со свитой.
Государь отстоял божественную литургию и по окончании ее милостиво преподнес приходу икону Святителя Николая Чудотворца, древнего письма. С этого началась история Единоверия Санкт-Петербурга.

Процесс становления и развития первой Единоверческой общины был сложен и неоднозначен. Выявились разные подходы в решении приходских проблем. В то же время приход расширялся, в него приходили все новые и новые староверы. В домашнем храме стало тесно. Это побудило купца Чурсинова К.З. в 1817 г. подать прошение на высочайшее имя императора Александра I о постройке нового Единоверческого храма на принадлежащем ему участке земли. Лишь в 1820 г. император Александр I подписал прошение с разрешением на строительство Единоверческой церкви.
Проект храма был заказан архитектору Мельникову А.И. - видному зодчему столицы.
Хотя члены общины были богатыми людьми, денег постоянно не хватало, поэтому строительство растянулось на 18 лет.
Храм был заложен в 1820 г. и строился поэтапно.
Первый престол во имя Тихвинской Иконы Божией Матери был освящен в 1827 г. Второй престол во имя Сошествия Святого Духа освящен в 1828 г. Центральный престол во имя Преображения Господня освятили в 1831 г., во имя Святителя Николая Чудотворца - в 1838 г. и в честь Святого Антония Великого - в 1866 году.
Для создания главного иконостаса церкви были приглашены известные московские иконописцы - сын и отец Пошехоновы. В храме также было много икон древнерусского письма, в основном Псковской и Новгородской школ.
В церкви хранились многие древние реликвии, в частности, Святые Евангелия, напечатанные при патриархах Филарете и Иосифе, Апостол издания 1599 г. (Апостол Ивана Федорова), антиминсы, священнодействовавшие при московском патриархе Иосифе в 1644 г., а также образцы золотого шитья царских мастерских XVI-XVII веков.
Приход принял активное участие в движении за возвращение в русские святцы Благоверной княгини Анны Кашинской.
После вторичного ее прославления в 1909 г. в благодарность приходу была подарена святая икона Благоверной княгини с частицей ее мощей. В настоящее время мощи хранятся у настоятеля прихода священноиерея о.Петра.
В приходе не только совершались уставные службы, но активно велось благотворительное, просветительное и общественное служение. Так, в период эпидемии холеры в 1832 году прихожане добровольно ухаживали за больными, оказывая приют в приходских помещениях. Невзирая на опасность заразиться, о болящих заботился лично староста прихода, который впоследствии стал одной из жертв эпидемии.
В приходе проводилась большая педагогическая работа. Были построены женская гимназия и мужское реальное училище им. цесаревича Алексея, созданы оригинальные педагогические программы, в которых сочетались древнерусские традиции и современные научные достижения. Возглавлял эту работу выдающийся отечественный ученый, академик Ухтомский А.А.
При церкви также существовала Единоверческая редакция, где печатались церковные книги и журнал "Голос церкви".
Работала богадельня для престарелых прихожан, хранилище древнерусской книги, лазарет.
Приход поддерживал тесные связи с правящей династией. Ежегодно единоверческий хор мужского реального училища принимал участие в совершении Божественной литургии по древнему чину в церкви Зимнего дворца. Само же училище патронировала непосредственно государыня-императрица Александра Федоровна.
К началу XX века приход Никольской церкви на Николаевской улице стал одним из крупнейших и значимых Единоверческих приходов в России. Его настоятель священноиерей о.Симеон (Шлеев) сыграл ведущую роль в организации I-го Всероссийского съезда православных старообрядцев (единоверов) 1912 года. Впоследствии он стал первым Единоверческим епископом.
В послереволюционный период приход считался недостаточно лояльным новой власти. Участвовал в иосифлянском движении Петроградской епархии, что явилось причиной его уничтожения и закрытия храма в 1931-1932 годах.
В дальнейшем помещение храма было передано под экспозицию музея Арктики и Антарктики.
Православные единоверцы, лишенные церкви, собирались на тайные богослужения по частным квартирам, как в былые времена в период гонения на старую веру. Только в 1992 году началась работа по возвращению Никольской Единоверческой церкви верующим.
Враги Божии активно препятствуют возвращению храма, собирая угли гнева Господня на свои головы.
В настоящее время Единоверческий приход Санкт-Петербурга собирается в молельной храмовой часовне, надеясь на то, что придет время, когда и в большом храме воспоют Святую Пасху.